Motor de 1.043 cm3, 16 válvulas, DOHC, refrigeración líquida y cuatro cilindros en línea con un diámetro y carrera de 77,0 x 56,0 mm, que ofrece un potente par motor a medio-bajo régimen y una suave transmisión de la potencia. En comparación con la Z1000, el motor ofrece una respuesta más potente a medio-bajo régimen mientras reduce ligeramente la potencia máxima. Tanto la potencia máxima como el par motor se producen en regímenes menores que en la Z1000. Los cuerpos del acelerador en posición descendente permiten que el aire de admisión llegue hasta el motor recorriendo la menor distancia posible, lo que ayuda a mejorar las prestaciones. Aunque los cuerpos del acelerador en posición descendente suelen utilizar toberas de admisión de tamaño reducido para maximizar el rendimiento a altas revoluciones, los de la Versys 1000 son más largos para ofrecer la mejor respuesta enfocada a una conducción estimulante por carretera.