Motor bicilíndrico paralelo de 649 cm3 con refrigeración líquida, 8 válvulas, DOHC e inyección de combustible que proporciona un rendimiento responsable y eficaz, en especial dentro de los rangos bajos y medios de revoluciones por minuto. El motor se ha personalizado para brindar características de potencia adecuadas a los pilotos experimentados e inspirar seguridad a los nuevos conductores. Las nuevas configuraciones de inyección de combustible generan una respuesta más suave (en especial, por debajo de las 4.000 rpm) y hacen que la nueva ER-6n ofrezca una respuesta de aceleración increíblemente más rápida. Las características de potencia de rango medio del motor hacen que la moto esté pensada para conducir a un velocidad media en ciudad. La respuesta continua es excepcional, lo cual ofrece un rendimiento sorprendentemente superior. Los pistones grandes de 38 mm de diámetro del acelerador tienen submariposas para obtener más potencia y una respuesta de aceleración suave y sensible. Radiador más grande (40 mm) que brinda una mejor eficiencia en la refrigeración (17,4 kW >> 19,4 kW).

La vista lateral de la careta delantera y del resto de carenados, ofrecen la inconfundible apariencia del diseño Ninja. El diseño de la careta delantera combina los paneles negros y de color para crear una apariencia compacta; un enfoque similar al utilizado en la Ninja ZX-10R.